eFX と相性が悪いアプリケーションは、eFX コントロールパネルの Exclude、つまり 「除外する」 タグの機能で動作対象外とすることができます。しかし、日本語が正常に表示されない問題もあって、ここでは EFX.INI をテキストエディタで改変する方法を紹介します。
　また、仕様上実際に対象外とできるのはウィンドウもしくはダイアログであり、アプリケーションそのものではありません。

1. eFX を終了します。
   

2. 除外したいアプリケーションを実行します。ここでは、例として WZ Editor を挙げています。
   

3. 除外したいアプリケーションのウィンドウ（またはダイアログ）キャプション（タイトル）テキストの内、不変な部分を読みとります。例えば、以下のキャプションならば 「WZ Editor」 です。
   
4. Windows フォルダの EFX.INI ファイルを、メモ帳などのテキストエディタで開きます。
   

5. [Exclude] オプションを以下の様に書き換えます。

6. 書き換えた EFX.INI を保存して完了です。
   

7. 更に下図のようなキャプションを持つウィンドウを除外したい場合には、次のように追記します。
   

8. ウィンドウクラスで指定することもできます。
   ホイールを持つマウスをお使いならば、 araken 氏のどこでもホイールを利用することで簡単に対象ウィンドウのクラス名を知ることができます。また、ＦＵＮ氏の Window Messenger でも、クラス名を知ることができます。
   

9. ここでは、 Susie の除外例を紹介します。
   Susie の場合、 eFX 使用時に不具合が出るのは画像を表示するウィンドウだけです。このため、画像を表示するウィンドウのクラスを [Exclude] セクションで除外指定します。

10. 以上で概ねおわかりいただけたと思います。タイトル名で指定する場合は 「Title_n=」 へ、ウィンドウクラスで指定する場合は 「Class_n=」 へ除外対象を記載するわけです。（n は 0 から始まる自然数の連続）
    尚、*（アスタリスク）はワイルドカードです。上記を参照して、アスタリスクの記載位置に注意してください。（アスタリスクを含め、英字はすべて半角英数で記載します）
    また、キャプションテキストで指定する場合、テキストが日本語であれば日本語でも指定できます。更に半角カタカナならば、半角カタカナで指定します。つまり、キャプションの表記のまま、 EFX.INI へ記載します。
    

11. 最後に、NumApps=n を修正し忘れないよう注意します。 n は、除外指定したウィンドウの総数になります。詳しくは、上記例を参照してください。

Office97 の MDI ウィンドウの除外設定

Word97 や Excel97 などの Internet Explorer 4 風メニューバーを持つウィンドウは、クラス名で除外する必要があります。

上記の設定例では、 Excel は子ウィンドウのみ eFX の対象外になりますが、 Word は親ウィンドウと子ウィンドウの両方が対象外となります。
尚、Word98 では上記設定も機能しないようです。